Es gibt eine neuere Gesamtdarstellung: Handbuch der Geschichte der evangelischen Kirche in Bayern, hg. von G. Müller / H. Weigelt / W. Zorn
Band 1: Von den Anfängen des Christentums bis zum Ende des 18. Jahrhunderts; Band 2: 1800 – 2000 EOS-Verlag St. Ottilien, 2000-2002.
Dazu ist im selben Verlag auch die römisch-katholische “Ergänzung” erschienen:
Handbuch der bayerischen Kirchengeschichte, hg. von W. Brandmüller, 3 Bände, 1991-1999.
Folgendes ältere Werk ist wegen seines Detailreichtums auch weiterhin wertvoll (aber nur noch antiquarisch erhältlich):
Matthias Simon, Evangelische Kirchengeschichte Bayerns, 2., überarb. Auflage 1952.
Sehr hilfreich als institutionengeschichtliches Nachschlagewerk, vor allem im Blick auf die evangelischen Pfarrgemeinden, ist auch der Band, den Matthias Simon für die Reihe ‚Historischer Atlas Bayern‘ erarbeitet hat (zugänglich über die Bay. Staatsbibliothek München): Die Evangelische Kirche (1960)